Bioshock & Nbsp; Al principio del juego, el jugador-personaje Jack es un pasajero en un avión que baja en el Océano Atlántico en 1960, después de que la sociedad ordenada en Rapture se haya derrumbado. Después de salir a la superficie, Jack se encuentra el único superviviente del accidente, y nada hasta un faro cercano en una isla, donde encuentra una batisfera que utiliza para descender al océano y entrar en la ciudad de Rapture. Un irlandés llamado Atlas utiliza la radio de servicio que se encuentra en la batisfera para ayudar a Jack a hacer su camino a la seguridad. Mientras tanto, Ryan, creyendo que Jack es un agente de una nación superficial, usa los sistemas automatizados de Rapture y sus Splicers controlados por feromonas para tratar de matar a Jack. Atlas le dice a Jack que la única manera que puede sobrevivir es usar las habilidades otorgadas por los plásmidos, y que debe matar a las Hermanitas para extraer su ADAM. Overhearing las palabras de Atlas, el Dr. Tenenbaum, el creador de las Hermanitas, intercepta a Jack, y le insta a salvar a las Hermanitas en lugar de otro, dándole un plásmido que desplazará a las mariposas incrustadas en cada hermana. Atlas dice que su esposa y su hijo se han escondido en un submarino y dirige a Jack hacia él. Justo cuando Jack y Atlas llegan a la bahía donde se encuentra, Ryan la ha destruido; Un enfurecido Atlas le pide a Jack que mate a Ryan. & Nbsp;
Finalmente, después de completar las tareas a lo largo de Rapture (como salvar un bosque artificial de morir y ayudar a un artista loco a construir su escultura), Jack se enfrenta a Ryan, que casualmente juega al golf en su oficina. Ryan revela una verdad que ha reconstruido: Jack nació en Rapture hace sólo dos años, genéticamente modificado para madurar rápidamente. Él es hijo ilegítimo de Ryan por un romance con Jasmine Jolene, una bailarina. Cuando Jolene quedó embarazada de Jack, ella (en la necesidad desesperada de dinero) tuvo su embrión quirúrgicamente eliminado y lo vendió al mejor postor. No se había dado cuenta de que era Frank Fontaine quien compró al hijo, lo que condujo a su muerte por un enfurecido Ryan. Ryan revela además que, después de comprar el embrión de Jack, Fontaine lo diseñó para obedecer órdenes que están precedidas por la frase específica "¿Podría usted amablemente ...". Jack fue enviado a la superficie cuando la guerra comenzó a ponerlo fuera del alcance de Ryan. Cuando el conflicto entre Fontaine y Ryan llegó a un punto muerto, Jack recibió instrucciones para abordar un vuelo con un paquete y usar su contenido, un revólver, para secuestrar y estrellar el avión cerca del faro, lo que le permitió regresar a Rapture como una herramienta De Fontaine.Debido a que Jack era el hijo de Ryan, podía usar libremente la red de la batisfera de Rapture, que había sido bloqueada a todos, excepto a aquellos dentro del "estadio genético" de Ryan. Finalmente, Ryan le mató a Jack, queriendo morir en sus propios términos. Con la muerte de Ryan, Jack se da cuenta demasiado tarde de que Atlas también ha estado usando la frase de activación para controlarlo. Atlas se revela como Fontaine, quien fingió su muerte para tirar a Ryan de su rastro y tomar el control de la ciudad, dejando a Jack a merced de los sistemas de seguridad reactivados. La Dra. Tenenbaum y sus Hermanitas ayudan a Jack a escapar por el sistema de ventilación, donde cae y pierde el conocimiento.Cuando Jack despierta, el Dr. Tenenbaum ya ha desactivado algunas de sus respuestas condicionadas (como la propia frase desencadenante) y le ayuda a romper las restantes, entre ellas una que finalmente habría detenido su corazón. Cuando Fontaine descubre que está perdiendo el control de Jack, Fontaine señala el peculiar hecho de que Tenenbaum ha sobrevivido tanto a la Segunda Guerra Mundial como víctima del Holocausto como a la batalla en Rapture, insinuando que tiene una agenda secreta propia. Con la ayuda de las Hermanitas, Jack es capaz de rastrear a Fontaine. Fontaine, acorralado, se inyecta con grandes cantidades de ADAM y se convierte en un monstruo inhumano. Jack batallas Fontaine, eventualmente prevaleciendo y permitiendo a las Hermanitas subyugar y extraer el ADAM de Fontaine, matarlo.
Tres terminaciones son posibles dependiendo de cómo el jugador interactuara con las Hermanitas, todas narradas por el Dr. Tenenbaum. Si el jugador no cosechó Hermanas Pequeñas (salvando así sus vidas), el final muestra cinco Hermanitas volviendo a la superficie con Jack y viviendo vidas llenas bajo su cuidado, incluyendo su graduación de la universidad, casarse y tener hijos; Termina con un tono cálido, con un anciano Jack rodeado en su lecho de muerte por las cinco hermanas menores adultas.
Si el jugador cosechó (y por lo tanto mató) a todas o casi todas las Hermanitas, el juego termina con Jack girando sobre las Hermanas después de derrotar a Fontaine, supuestamente matándolas todas y tomando su ADAM. Tenenbaum narra lo ocurrido, condenando a Jack ya sus acciones, con una voz llena de ira y desprecio. Más tarde, en el segundo final, un submarino de clase George Washington que lleva misiles nucleares llega a través de los restos del avión y de repente está rodeado de batisferas que contienen Splicers. Los Splicers matan a todas las manos a bordo del submarino y se apoderan de él.
Si el jugador mató a más de una Hermanita, pero no lo suficiente para obtener el final anterior, el final es visualmente idéntico al segundo, aunque el tono de la voz de Tenenbaum es triste, en contraposición a enojado y hay Cambios de diálogo menores
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